Le parc national de Komodo s'étend sur 1 733 kilomètres carrés à travers des îles volcaniques dans l'archipel des petites îles de la Sonde, établi en 1980 pour protéger le plus grand lézard vivant au monde.
Le dragon de Komodo — Varanus komodoensis — n'habite que ces îles indonésiennes ; un carnivore de trois mètres qui a survécu au Pléistocène alors que la mégafaune disparaissait ailleurs. Les scientifiques ont recensé 5 700 dragons sur Komodo, Rinca et Padar lors du dernier recensement, chaque île maintenant des densités de population distinctes façonnées par la disponibilité des proies et le terrain. Le parc a obtenu le statut de patrimoine mondial de l'UNESCO en 1991, non seulement pour son prédateur alpha, mais pour sa biodiversité marine rivalisant avec les récifs les plus riches du Triangle de corail.
Labuan Bajo s'est transformé d'un avant-poste de pêche en porte d'entrée du parc après que l'Indonésie a désigné Flores comme zone touristique prioritaire au début des années 2000. Le port expédie désormais quotidiennement des dizaines de goélettes phinisi en bois et de bateaux rapides en fibre de verre, transportant chacun des groupes accompagnés de rangers vers des postes d'observation des dragons sur les îles de Komodo et Rinca. Les itinéraires de trekking traversent des collines de savane où paissent les cerfs de Timor — la proie principale des dragons — et les sentiers côtiers révèlent des sites de nidification surveillés par des équipes de conservation. Les rangers appliquent des protocoles stricts : les groupes doivent maintenir une distance de cinq mètres, porter des bâtons fourchus pour rediriger les juvéniles curieux et éviter les odeurs liées aux menstruations qui déclenchent un intérêt prédateur. Les itinéraires des excursions à Komodo depuis Labuan Bajo combinent généralement des rencontres avec les dragons et des arrêts de snorkeling à Pink Beach, où des fragments de corail rouge teintent le sable, ou à Manta Point, où des raies mantas océaniques glissent à travers des courants riches en nutriments.
Les baies tricolores de l'île de Padar — sable blanc, noir et rose convergeant sous une ligne de crête de 300 mètres — sont devenues le panorama le plus photographié du parc après l'ouverture d'un itinéraire de trekking aux visiteurs en 2015. L'ascension de 45 minutes suit des lacets passant devant des palmiers lontar résistants à la sécheresse, récompensant les grimpeurs avec une vue sur le détroit de Sape vers Flores et Sumbawa. Sous l'eau, les 260 espèces de coraux du parc abritent des requins de récif, des hippocampes pygmées et des bancs de fusiliers, attirant les plongeurs sur des sites comme Batu Bolong et Castle Rock toute l'année. Les frais de conservation de 250 000 IDR financent les salaires des rangers et les patrouilles anti-braconnage, tandis que les frais portuaires soutiennent l'entretien des quais et la gestion des déchets. Les billets pour une excursion à Komodo depuis Labuan Bajo donnent accès à toutes les zones de trekking et aux zones de snorkeling désignées dans la réserve marine, les opérateurs de bateaux rapides coordonnant les heures de départ pour éviter la chaleur de midi lorsque les dragons se retirent dans des terriers ombragés.
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